Azərbaycanın Hərbi Dəniz Qüvvələri 1919-cu ilin avqustunda ingilislər Azərbaycanı tərk etdikdən sonra formalaşmağa başlamışdır. Bu vaxta qədər Xəzər dənizinin qərb sahillərində müdafiəni ingilis hərbi gəmiləri təmin edirdi. Xəzər hərbi donanmasının gəmiləri isə Bakı azad olunarkən  Port-Petrovsk limanına qaçırılmış və yalnız 1918-ci il noyabr ayında ingilislər Bakıya gəldikdən sonra geri qaytarılmışdır. 

Yeni yaranmış Azərbaycan hərbi donanmasında yüksək rütbəli zabitlərdən yalnız “Ərdahan” və “Astrabad” gəmilərində xidmət edən dəniz xidməti kapitanı Həsən Çilingərzadə və 1-ci dərəcəli kapitan Gitançızadə azərbaycanlı idi. Hərbi Nazirlikdə donanma ilə məğul olan bölmə olmadığından Xəzər hərbi donanması ilə bağlı məsələlərə Nəqliyyat Nazirliyində baxılırdı. 

1919-cu ilin sonlarında Baş qərargahın nəzdində 6 ştat vahidindən ibarət xüsusi hərbi dəniz şöbəsi yaradıldı. Ümumilikdə Azərbaycan Xəzər hərbi donanmasının tərkibində 75, 100 və 120 mm çaplı toplarla silahlanmış  iki kanoner gəmisi –  “Ərdahan” və “Kars”, “Astrabad”, “Göytəpə”, “Araz”, “Nargen” xidməti və köməkçi gəmiləri, “Oryol” nəqliyyat gəmisi, silahlı “Puşkin” paraxodu, həmçinin lazımi qədər kater var idi. 

Hərbi donanma üçün kadrların hazırlanması məqsədilə Bakı Dəniz Aviasiyası məktəbinin bazasında Xüsusi hərbi-dəniz aviasiyası məkəbi, 1919-cu ilin oktyabrın 14-də isə dəniz aviasiyası dəstəsi yaradıldı. 

Texniki təminatın yaxşılaşdırılması məqsədilə Paris sülh konfransına təqdim olunmuş memorandumda donanmanın sualtı qayıqlar, lazımi qədər mərmi ehtiyatları və digər zəruri vəsaitlərlə təmin olunmasına köməklik olunması ilə bağlı müraciət olunmuş, 6 sualtı qayıq, müxtəlif tipli döyüş katerləri, dəniz artileriya silahları sifariş olunmuşdu. 1920-ci ildə Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin süqutu ilə əlaqədar  güclü hərbi donanmanın yaradılması mümkün olmadı.

Yenidən müstəqillik əldə etdikdən sonra Azərbaycan Respublikası Parlamentinin 9 oktyabr 1991-ci ildə qəbul etdiyi “Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələri haqqında” qanuna əsasən Silahlı Qüvvələrin tərkib hissəsi kimi Hərbi Dəniz Qüvvələrinin yaranmasının hüquqi bazası müəyyən olundu. Sabiq SSRİ dövləti tərkibində olan müstəqilliyini əldə etmiş Rusiya, Qazaxıstan, Türkmənistan və Azərbaycan Xəzəryanı dövlətləri arasında əldə olunan razılığa görə Azərbaycan onun ərazisində yerləşən sabiq Xəzər hərbi donanmasının bütün bazalarına və 25% hərbi gəmilərinə sahib oldu.

26 iyul 1992-ci ildə “Bakılı” gözətçi gəmisində ilk dəfə olaraq müstəqil Azərbaycanın üçrəngli Dövlət bayrağı qaldırıldı və Azərbaycan öz Hərbi Dəniz Qüvvələrini yaratmağa başladı.  İlk mərhələdə Hərbi Dəniz Qüvvələrinə müxtəlif tipli gəmilərlə komplektləşdirilmiş  beş divizion və sahil bölmələri daxil oldu.  Xəzər hövzəsində yerləşən müşahidə postları və mayakların fəaliyyəti bərpa olunmağa başlandı. 

Qarabağ uğrunda gedən döyüşlərdə iştirak etmək üçün Hərbi Dəniz Qüvvələrinin gəmi və sahil bölmələrinin heyətindən qısa müddətdə  Dəniz Piyadası Taboru formalaşdırıldı. Ağdam-Tər-Tər istiqamətində düşmən hücumunun qarşısının alınması məqsədilə 19.04.1994-cü il tarixində cəbhə bölgəsinə göndərildi və 25 iyul 1994-cü il tarixində vəzifə borclarını yerinə yetirdikdən sonra hərbi hissəyə döndü. 

4 noyabr 1997-ci il tarixli “Azərbaycan Respublikasının Hərbi Dəniz Bayraqları haqqında” qanuna əsasən hərbi və köməkçi gəmilərdə qaldırılan bayraqlar haqqında əsasnamə qəbul edildi. 7 avqust 2000-ci ildən etibarən Hərbi Dəniz Qüvvələrinin bütün gəmilərində Hərbi Dəniz Qüvvələrinin bayrağı qaldırıldı.

Türkiyə və Azərbaycan Hərbi Dəniz Qüvvələri arasındakı hərbi əməkdaşlıq müqaviləsinə əsasən P-223 kiçik artilleriya kateri Azərbaycana hədiyyə olunmuşdur. 22 iyul 2000-ci ildə İzmir şəhərindən səfərə başlamış, 3 dövlətin (Türkiyə, Ukrayna, Rusiya) ərazisindən 5 dəniz (Egey, Mərmərə, Qara, Azov, Xəzər), 3 boğaz (Çanaqqala, İstanbul, Kerç), 2 çay (Don, Volqa) və onları birləşdirən 18 hovuzu keçərək 2345 dəniz mili məsafəni qət etmiş, 7 avqust 2000-ci ildə Azərbaycan Respublikası Hərbi Dəniz Qüvvələrinin zabitləri tərəfindən Hərbi Dəniz Qüvvələrinin əsas bazasına gətirilmişdir.

Hərbi Dəniz Qüvvələrinin Xüsusi təyinatlı mərkəzin şəxsi heyəti Türkiyə və ABŞ Dəniz Piyadaçıları ilə bir sıra birgə təlimlərdə iştirak etmişlər. Zabit kadrlarının ixtisas hazırlığının yüksəldilməsi məqsədilə bir sıra xarici ölkələrlə təcrübə mübadilələri aparılmış, zabit heyətinin beynəlxalq tədbirlərdə iştirakı təmin olunmuşdur.