Universiteti bitirdikdən sonra bir il boyunca Gədəbəydə ön cəbhədə əsgərlikdə olub. 2020-ci ilin sentyabrında İlkin təlimlər üçün N saylı Hərbi hissəyə, oradan da Goranboy rayonu Ballıqaya istiqamətinə aparılıb. İlkin Ağakişiyev oktyabrın 8-də Ağdərə istiqamətində şəhid olub.

İlkin axırıncı dəfə ailəsi ilə sentyabrın 30-da danışıb. Sonra onunla əlaqə saxlamaq mümkün olmayıb. Ailəsinə yalınız 56 gündən sonra şəhidlik xəbəri gəlib. Şəhidin nəşi noyabrın 27-də Mingəçevir şəhər Şəhidlər xiyabanında dəfn olunub.

Aildə iki uşaq - bir bacı, bir qardaş olublar. 25 yaşı olmağına baxmayaraq ailəsi və dostları hər bir məsələdə İlkinlə məsləhətləşərdi.1 il 9 ay idi ki, AzəriMed dərman firmasında işləyirdi.Torpağa qoyulan gündən bir xınalı pişik gecə-gündüz İlkinin yanından getmirdi.
Cəbhədə olduğu günlərdə anası onun saatı ilə yaşayırdı, saat dayanmır, "balam sağdır", deyirdi. İlkinin cənazəsi evlərinə gələndə saatı dayanıb, əqrəbləri 10:40-ı göstərib. Həmin saatla birlikdə ananın ümidləri, arzuları da dayanıb, ürəyi əbədi olaraq bala dərdinə məhkum olub.
Şəhid İlkin ölümündən sonra "Vətən uğrunda", "Suqovuşanın azad olunmasına görə" , "Cəsur döyüşçü" medalları ilə təltif edliib.