1991-ci ildə Azərbaycan Respublikası öz müstəqilliyini bərpa etdi. 1992-ci ildə yaranmağa başlayan Milli Ordumuzun ilk zabitlərindən biri də Rəfael oldu. O, 1992-ci il may ayının 23-də Qarabağa - döyüş bölgəsinə göndərildi. Ermənilər xarici havadarlarına arxalanaraq işğalçılıq siyasətini davam etdirir. Moskvadakı ermənipərəst qüvvələr, xüsusilə Mixail Qorbaçov daşnak quldurlara dəstək verir, Azərbaycana qarşı başlanan müharibəyə göz yumurdular.

Leytenant Rəfael Həbibov hərbi texnikanın sirlərini mükəmməl bilir, müxtəlif döyüş əməliyyatlarının həyata keçirilməsində yaxından iştirak edirdi. O, Təzəkənd, Narıştar, Zod, Ala Qaya, Çərəktar, Ağdaban, Çaraq kəndləri uğrunda gedən ağır döyüşlərdə düşmənə sarsıdıcı zərbələr endirmişdi.

Rəfael Həbibov heyəti ilə birlikdə Kəlbəcər döyüşlərində ermənilərin RDM-24 tipli zirehli maşınını sıradan çıxarmış, qızğın döyüşlər zamanı ağır yaralanmışdır.

7 iyul 1992-ci ildə leytenant Rəfael Həbibovun sinəsi düşmən gülləsinə tuş gəldi. O, Şirvan şəhərindəki qəbiristanlıqda dəfn edildi. Həbibov Rəfael Şərafət oğlu 1964-cü il aprelin 4-də Şirvan şəhərində dünyaya göz açmışdı. 1981-ci ildə 14 saylı orta məktəbi bitirmiş, sonra isə hərbi xidmətə yollanmışdır. Əsgəri borcunu yerinə yetirdikdən sonra təhsilini Kaunas Gizirlər məktəbində davam etdirmişdi. Sonra gənc zabit kimi təyinatla Kutaisi ətrafındakı hərbi hissələrin birinə, 1986-cı ildə isə Əfqanıstana göndərilmişdi. Burada gedən döyüşlərin birində yaralansa da, müalicədən sonra yenə hərbi hissəyə qayıtmışdı. Döyüşlərdə göstərdiyi rəşadətə görə medallara, fəxri fərmanlara layiq görülən Rəfael 1988-ci ildə Bakıya qayıtmış, Qarabağ uğrunda gedən ölüm-dirim savaşına qoşulmuşdu. Rəfael Həbibovun adı Azərbaycanın hərb tarixinə qızıl hərflərlə yazılıb...

Rəfael Şərafət oğlu Həbibov Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 16 sentyabr 1994-ci il tarixli 202 saylı fərmanı ilə ölümündən sonra "Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı" fəxri adına layiq görülmüşdür.